Efter din skæbnesvangre undersøgelse i Union og Desillusion, fortsætter byen med at forfaldne. Brud i virkeligheden begynder at rive gennem Jordens stof, og en svag melodi af uoverensstemmende rør kan høres gennem Arkhams gader. Skræmmede borgere har beseglet sig i deres hjem, men alligevel patruljerer du gaderne, desperat efter en løsning for at afslutte kaoset.
I In the Clutches of Chaos falder døden ikke til den sædvanlige sats. I stedet for overtrædelser foretages forskellige steder, markeret med ressourcetegn. Når der er foretaget tilstrækkelige overtrædelser på et enkelt sted, opstår der et indtrængen. En indtrængen tilføjer undergang til dens placering og får overtrædelserne til at sprede sig, hvilket åbner revner i virkeligheden på forbindelsessteder. Dit mål er at forhindre angreb ved at fjerne de overtrædelser, der forårsager dem, men dette kan kun gøres ved at aktivere handlingsevnerne på hvert sted. Hvis du ikke opretholder kontrol over overtrædelserne, kan du snart blive dig overvældet af Arkham i galskab. Du kan ikke tillade, at det sker!
