Hver spiller har et identisk dæk på 25 kort, hvorfra de udkast til en leder. Lederens evner ændrer i vid udstrækning strategien og spilbarheden for hvert andet kort i bunken, hvilket gør spillet spilbart på 25 forskellige måder.
I spillet skifter spillerne om at placere kort og angribe. Hvert kort kan aktiveres på forskellige måder, idet de tager fornærmende evner i enhedens forrækker, eller understøtter kræfter i bagerste rækker. Kort kan også spilles som ordrer - kraftfulde engangseffekter, der kan vende kampvandet.
Spil fortsætter, indtil begge spillers leder er besejret. Et typisk spil er bedst af tre eller fem runder.
Pixel Tactics 2 finder sted i den samme verden og bruger mange af figurerne fra Level 99 Games 'BattleCON: War of Indines, men dens gameplay er helt uden relation.
